蓝藻的类囊体中所含的光和色素有叶绿素a、藻胆素及一些黄色色素。

叶绿素a，是一种有机化合物， 分子式为C55H72MgN4O5，分子量为893.489，腊状固体。叶绿素a的分子结构由4个吡咯环通过4个甲烯基（=CH—）连接形成环状结构，称为卟啉（环上有侧链）。叶绿素a是一种包含在浮游植物的多种色素中的重要色素。在浮游植物中，占有机物干重的1%〖KG-1.3mm〗～2%，是估算初级生产力和生物量的指标，也是赤潮监测的必测项目。食用绿色色素。用于糕点、饮料、利口酒等。实际上常直接使用植物的叶或干燥粉末。例如，茶末、艾蒿、菠菜、小球藻等。添加于胶姆糖可消除口臭。 叶绿素用于肥皂、矿油、蜡和精油的着色。叶绿素或叶绿酸的衍生物，例如叶绿素铜[11006-34-1]、叶绿酸铁钠、叶绿酸铜钠，用于食品、糖果、饮料、牙膏等作着色剂和脱臭剂。叶绿酸衍生物可与杀菌剂洁尔灭、卤卡班等并用作为臭化妆品的配方。

类囊体分布在叶绿体基质和蓝藻细胞中，是单层膜围成的扁平小囊，也称为囊状结构薄膜。沿叶绿体的长轴平行排列。类囊体膜上含有光合色素和电子传递链组分，“光能向活跃的化学能的转化（光反应）”在此上进行，因此类囊体膜亦称光合膜。

藻胆素（phycobilin）是存在于红藻及蓝藻中的一种光合作用辅助色素（仅存在于藻类中）。藻胆素包括藻蓝素、藻红素和别藻蓝素，也存在于隐藻和一些甲藻中。