限期治理的决定机关是环境保护行政主管部门。

政府行政主管部门就是主管某个方面的政府部门，是指一个单位的上级（政府）管理机构。比如教育的行政主管部门就是教育局，土地的行政主管部门就是国土资源局。

限期治理，是指中国法律确定的，对污染严重、危害较大、群众反映强烈的污染源，由法定的政府机关作出决定，下达指令，限定在一定期间内对污染进行治理，并达到规定的治理要求的强制性措施已被废除。2014年新修订的《环境保护法》废除了“限期治理”，而改为由“限制生产、停产整治”代替。第60条规定：“企业事业单位和其他生产经营者超过污染物排放标准或者超过重点污染物排放总量控制指标排放污染物的，县级以上人民政府环境保护主管部门可以责令其采取限制生产、停产整治等措施；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。”随后《中华人民共和国大气污染防治法》（2015）、《中华人民共和国水污染防治法》（2017）、《中华人民共和国海洋环境保护法》（2017）也都对其做出了相应的规定。

环境保护一般是指人类为解决现实或潜在的环境问题，协调人类与环境的关系，保护人类的生存环境、保障经济社会的可持续发展而采取的各种行动的总称。其方法和手段有工程技术的、行政管理的，也有经济的、宣传教育的等。十八届五中全会会议提出：加大环境治理力度，以提高环境质量为核心，实行最严格的环境保护制度，深入实施大气、水、土壤污染防治行动计划，实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度。